Přístrojové vybavení laboratoří

Laboratoře VŠÚO jsou vybaveny moderními přístroji, které dovolují provádět široké spektrum analýz. Pracoviště se dalšími přístroji vybavuje, v nejbližší době se plánuje pořízení kompletního přístrojového vybavení pro analýzu reziduí v ovoci.

Přehled přístrojového vybavení:

• Custom BioGenic System 1500

Jedná se o kryogenickou nádobu s vakuovou izolací. Zařízení slouží pro uchování vzorků v parách kapalného dusíku. Kontejner má speciálně vyrobenou vestavbu pro ukládání vzorků do hliníkových boxů. Vzorky ve formě segmentů dormantních výhonů jsou před uložením do boxů zataveny do polyolefinových svařovacích trubic.
 

• LCi-SD kompaktní systém pro měření průběhu fotosyntézy

Slouží pro určení rychlosti fortosyntézy a výměny plynů v listech rostlin a udává okamžitý výkon fotosyntézy přímo na stanovišti rostliny.
 

• CCM 200 plus - přístroj pro měření obsahu chlorofylu

Slouží pro měření obsahu chlorofylu v listech
 

• Kapalinový chromatograf s hmotnostním spektrometrem (Exion LC AD, SCIEX Triple Quad 5500+, QTRAP Ready) 

• Kapalinový chromatograf (HPLC, Agilent 1260 Infinity) s DAD , RID a FLD

• CoulArray (CoulArray Multi-electrode Array Detector)

Jedná se o elektrochemický detektor, který je tandemově propojený s kapalinovým chromatografem a umožňuje sledování elektroaktivních látek. Tento přístroj je určen především ke stanovení celkové antioxidační aktivity.
 

• Plynový chromatograf s hmotnostním spektrometrem (Agilent 7890B GC System,  Agilent 7000C GC/MS Triple Quad)   

Přístroj slouží k prověření zdravotní nezávadnosti ovoce (např. rezidua pesticidů.). Dále je možno ho využít ke stanovení aromatických látek v plodech ovoce.
 

• Genetické analyzátory 

Jedním ze zakoupených přístrojů je sekvenátor na bázi kapilární elektroforézy, další z nich je již přístroj, který se řadí k sekvenátorům nové generace (Next generation sequencing –NGS). S využitím NGS probíhá sekvenování velkého množství vzorku na mikročipu. Hlavní využití je plánováno v oblasti molekulární charakterizace genomu ovocných plodin a odrůd uchovávaných v polních kolekcích VŠÚO Holovousy s cílem vybrat nejvhodnější odrůdy jako výchozí materiál pro šlechtitelské účely a vytvořit core collection. Předpokládá se nalezení markerů, které budou v těsné vazbě s důležitými fenotypovými znaky. Získané poznatky budou následně využity při výběru optimálních rodičovských kombinací ve šlechtitelských programech. Dalším plánem je výzkum genetického základu rezistencí a odolností k napadení škodlivými organismy i ke stresovým a abiotickým faktorům.
 

• FT-NIR spektrometr (Antaris II) 

Přístroj Antaris II je založen na tom, že měřené plody nejsou přístrojem poškozeny. Tento přístroj pracuje na principu spektrometrie v blízké infračervené oblasti (tedy 800-2500 nm). Přístroj je určen k nedestruktivnímu měření refrakce, penetrace, obsahu vlákniny, obsahu vody, aj. K této metodě je vždy ke kalibraci přístroje potřeba porovnávací destruktivní metoda (refraktometr, penetrometr, aj.). Pokud máme dostatek kalibračních dat (několik tisíc), je možné destruktivní metody vynechat.
 

• Ruční NIR spektrometr (MicroPhazir)

Ruční NIR spektrometr pracuje na podobném principu jako Antaris II s výhodou možnosti vzít přístroj přímo do sadu a s nevýhodou menší přesnosti. Je nejprve opět třeba destruktivních kalibračních dat. Bude se využívat hlavně na určení sklizňové zralosti plodů přímo na stromě/keři.
 

• Titrátor (Titroline 7000)

Titrátor je určen k jednoduchým analýzám kyselosti, množství kyselin a vitaminu C ve šťávě z ovoce, v přesnídávkách atd.
 

• Lyofilizátor (LyoQuest Eco-55)

Lyofilizace ovoce, neboli sušení mrazem je způsob úpravy vzorku k chromatografickým metodám. Přístroj také slouží k úpravě ovoce, které bude až rok skladováno. Ovoce si zachová svou barvu, vůni a veškeré prospěšné látky, kromě vody.
 

• Diferenční skenovací kalorimetr (Q 20)

Diferenční skenovací kalorimetr (DSC) slouží k naměření tepelných změn ve vzorku. Tyto analýzy mají za cíl zpřesnit kryoprotokol, tak aby při zamražování a odtávání nedocházelo v rostlinném materiálu k intracelulární tvorbě ledových krystalů, což je pro buňky letální.
 

• Programovatelný zamrazovač (IceCube 14S)

IceCube slouží k zamrazení vzorků dle předem zadaných podmínek tak, aby při zamražení nedocházelo v rostlině k tvorbě ledových krystalů. (Tyto podmínky byly zjištěny pomocí DSC.) Zamražené vzorky budou přeneseny do skladovací dewarovy nádoby s kapalným dusíkem a uchovány až několik desítek let.
 

• Flow boxy (Mini-H), biohazard boxy (Bio-II-Advance-3)

Boxy slouží k práci se sterilním materiálem vypěstovaným v in vitro podmínkách.
 

• Penetrometr (TA 1)

Penetrometr měří pevnost dužniny v jednotkách kg na penetrovanou plochu.
 

• Real-time PCR 

Real-time PCR je přístroj, umožňující odečítat PCR reakci v reálném čase bez použití elektroforézy, a slouží k diagnostice rostlinných patogenů a rozlišování jejich kmenů podle metodik EPPO s velikou přesností. Přístroj umožňuje výrazné urychlení diagnostických metod jak u rutinního testování, tak ve výzkumných projektech na rostlinných patogenech. Pomocí metody lze rovněž detekovat patogeny v hmyzích přenašečích. Dalším plánovaným využitím jsou genetické analýzy, sledování genových mutací, zjišťování jednotlivých genotypů, skenování genů a vyšetření polymorfismů.
 

• ICP-MS hmotnostní spektrometr s indukčně vázaným plazmatem

Analýza výživného stavu rostlin a půdy. Ve vzorku lze stanovit obsah makroprvků, mikroprvků i stopových prvků či těžkých kovů. Vzorky rostlinného materiálu musí být před analýzou na hmotnostním spektrometru mineralizovány. K přípravě mineralizátů slouží blok pro mikrovlnný rozklad.
 

• Analyzátor dusíku

Pro stanovení obsahu dusíku ve vzorku slouží kontinuální průtokový analyzátor SAN++. Na základě těchto rozborů je možné zjistit výživný stav ovocných plodin a následně sestavit plány hnojení výsadeb.